センサーネットワークの複雑な問題をすべて考慮し、経路選択、通信および電力管理の方法を決定したら、続いてはネットワークのアプリケーションソフトウエアを完成させなければならない。アプリケーションソフトウエアは、ハブ上のもの、ノード上のもの、ユーザーインターフェースの3つに大別することができる。

　まず、ハブ上のソフトウエアは、電池の寿命が最大となるように、ネットワークの通信レベルを管理する必要がある。

　一方、ノード上のソフトウエアは、消費電力を管理し、データの伝送を最小限に抑えるように処理を行わなければならない。つまり、このソフトウエアは、ネットワークによって重要な情報のみが送信され、それ以外は除外するように機能する必要がある。

　ノード上のソフトウエアは、ワイヤレスセンサーネットワークをクラスタベースの分散コンピューティングシステムとして扱う。このようなシステムを構築する際には、単一のアプリケーションを開発し、それをすべてのノードで並列に実行することになる。各ノードには固有の識別子を与え、その識別子を基にソフトウエアが処理アルゴリズムを適用する。この手法の利点は、プログラミング時にきちんと考察して単一のプログラムを各ノードに配備することにより、それぞれのノードに同一の柔軟性を効率的に与えられることである。

　ユーザーインターフェースは、すべての情報を収集し、それをユーザーが直感的に理解できる形で表示できるように作成する。そのようなソフトウエアを開発する方法の1つに、ワイヤレスセンサーをオシロスコープやデジタルマルチメーターのような機器と同様に扱う方法がある。この方法であれば、開発者になじみが深くやりやすい方法でネットワークとやりとりすることにより、アプリケーション開発の複雑さを抽象化することができる。ワイヤレスセンサーネットワーク業界における主要なメーカーは、ソフトウエア開発環境に対するドライバインターフェースを提供することにより、この要求に対応している（別掲記事『ソフトウエア開発環境の一例』を参照）。